Josef Šebek se narodil ve Slaném, ale svou dávnou touhu hrát divadlo musel začít poprvé realizovat na Moravě, v Severomoravském divadle v Šumperku, kam nastoupil jako elév koncem padesátých let. Nedlouho poté odešel do Beskydského divadla v Novém Jičíně, kde setrval do roku 1962. Následoval pokus o získání odborné herecké průpravy, studia na DAMU v Praze ale Šebek nedokončil (1962-1965). Dalších šest sezón strávil na jevišti Jihočeského divadla v Českých Budějovicích (1965-1971), kde se objevil v řadě představení domácího i světového repertoáru (Veselé paničky windsorské, Svatá Jana, Deset malých černoušků, Smrt obchodního cestujícího, Ze života hmyzu). Kvůli svému vytížení u filmu opustil Josef Šebek počátkem 70. let stálé divadelní angažmá a načas se stal umělcem ve svobodném povolání. Naopak, o několik let později, když příležitostí před kamerou ubylo, přijal znovu trvalý pracovní úvazek v divadle, od roku 1978 hrál ve Východočeském divadle v Pardubicích, později v Divadle Vítězného února v Hradci Králové (dnešní Klicperovo divadlo).
S filmem a televizí spolupracuje Josef Šebek od poloviny šedesátých let. Poprvé se objevil jako vojín v povídkovém filmu KAŽDÝ MLADÝ MUŽ (1965), podobná role pak následovala v kriminálce VRAH SKRÝVÁ TVÁŘ (1966). Uniformu, ať vojenskou nebo policejní, oblékal Josef Šebek i v řadě dalších filmů, což ale na druhou stranu vedlo k tomu, že jeho participace ve filmu se týkala často tendenčně pojatých snímků normalizační kinematografie. Jak již bylo uvedeno, počátkem sedmdesátých let se jeho práce pro film a televizi zintenzívnila a například v roce 1975 natočil sedm filmů, dvakrát byl přizván také do koprodukčních projektů se Západním Německem.
V polovině sedmdesátých let navázal Šebek spolupráci s režisérem Jiřím Svobodou, který jej do svých filmů přizval celkem osmkrát (ZRCADLO PRO KRISTÝNU, 1975; ŘETĚZ, 1981; SCHŮZKA SE STÍNY, 1982; ZÁNIK SAMOTY BERHOF, 1983; SKALPEL, PROSÍM, 1985). Ze spolupráce se Svobodou vyšla také Šebkova jediná hlavní role, hrál projektanta Vondráka ve filmu DŮM NA POŘÍČÍ (1976), dramatickém příběhu z doby první republiky inspirovaném skutečnou událostí z roku 1928.
V polovině 80. let práce pro film u Šebka téměř ustala, znovu byl osloven filmaři v následující dekádě, kdy znovu hrál ve filmech, televizních inscenacích a také seriálech. Zatímco film mu nabídl role v projektech kolísavých kvalit, v televizním formátu se objevil ve zdařilých seriálových počinech jako BYLO NÁS PĚT (1994) nebo ZDIVOČELÁ ZEMĚ (1997). Zatím naposledy jsme Josefa Šebka mohli vidět v seriálu VYPRÁVĚJ (2008).
